对于科斯第二定理可以从以下4个层次来理解：
第一，一旦交易费用不为零，考虑到交易成本，合法权利的初始界定对经济制度的运行效率、市场配置资源的效率都会产生影响；
第二，在交易费用大于零时，法律制度在决定资源如何利用方面起着要作用；
第三，产权交易能否发生以及数量多少取决于产权交易获得的净益是否大于交易的成本，即产权调整和重组的产值增加是否大于产权交易过程中产生的成本；若不大于，则产权最优配置以及由此导致的资源最优配置将不会出现；
第四，产权交易费用不为零时，如何选择合适的社会安排来解决外部字在的有害效应要从边际的角度分析，即要使市场解决的边际成本和企业、政府解决的边际成本相等。
产权的交易活动要耗费稀缺资源，即“经济制度的运行成本”，所以交易成本为零是现实中不或许存在的理想状态。科斯定理的意义在于，它揭示了社会经济活动中清楚界定经济主体的产权必然导致资源最优配置，而资源的最优配置需求经济主体有明晰的产权。产权的合理界定能帮助经济社会减少交易摩擦，降低交易费用，在制度上保证资源配置的有效性，这就是科斯产权理论的核心。

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